Причина в том что атмега не отвечает программатору пока в ней крутится программа . Программатор не может залить прошивку..соответственно.
С атмегой мало опыта имею, подвесы и регуляторы прошивались всегда без проблем, поэтому по конкретной проблеме Ильи ничего не могу сказать. Могу лишь предложить идею в начале попробовать стереть старую прошивку, сделать обнуление чипа, а потом уже шить новую прошивку. Если чип защищен битом конфигурации (у атмеги это фьюзы называются) от чтения. То сбросив его, прошивка стирается сразу, чип становится обнуленным. Но если шить подвес от Алекс моса, то стирать нельзя чип полностью, иначе сотрешь бутлоадер и чип превратится в груду железа, про мартинеса не знаю плату не имел и не щупал.
Больше программировал на PIC контроллерах фирмы Microchip, кто меня знает проекты видели. Попробую поделиться опытом на примере PIC-ов, тк контроллеры между собой имеют много общего, тк разработчики тырят идеи и технологии друг от друга.
Обычно для перепрошивки чипа есть ножки для перехода в режим программирования, при их активации (формированием на них шима, просто нуля, единицы или повышенного напряжения) контроллер останавливает внутреннюю программу и переходит в режим программирования. Обычно, при проектировании устройства, в конструкцию платы закладывают возможность внутресхемного программирования чипа на борту. Но из-за неисправности элементов либо из за отсутствия внутресхемного решения программирования на плате, чип прошить на плате становится невозможно.
Решал такие задачи следующими способами :
1. Выпаивал кварц или RC цепочку от контроллера на борту, программа чипа остановлена и чипу проще перейти в режим программирования.
2. Если чип использует внутричиповый резонатор (то есть используется RC цепочка резонатора внутри контроллера), то чип приходилось снимать с платы и прошивать отдельно от платы. Ладно если чип в DIP корпусе и на панельке, если нет, то выпаеваем чип с платы шьем и запаиваем обратно.
3. Отрезал от схемы платы ножки для программирования, подпаивался напрямую к ногам чипа, после прошивки восстанавливал отрезанные соединения.